由于标准的购房合同条款的局限性，几乎每一份购房合同都要签订补充协议。标准的购房合同由于是国家有关部门制定的，条款相对比较公平合理。而补充条款是由开发商制定的，往往会限制购房者的权利，甚至采用一些不平等条款侵害购房者利益：
1、关于不可抗力：导致发展商逾期交付房屋的原因很多，不可抗力即是其中之一。由于相关法律规定难以对不可抗力事件一一列明，发展商通常会对不可抗力的范围作扩大性解释，例如将施工过程中出现的重大技术问题或其它发展商不能控制的因素列入不可抗力的范围，以规避由于逾期交付房屋而需承担的违约责任，对此购房者应该在补充协议中尽量明确不可抗力事件的范围，在出现不可抗力时发展商应该提供政府主管部门、公证机构或专业鉴定机构的证明性文件才能作为其免责的理由，同时约定当不可抗力事件导致逾期交房超过一定期限时，购房者有权终止合同，要求发展商退还已经支付的全部款项，或者就逾期实际天数要求发展商给予一定数额的经济补偿。
2、关于分摊建筑面积：作为房屋总建筑面积的一部分，分摊面积的多少，直接影响购房者实际获得的使用面积。对此尽管《北京市商品房销售面积计算及建筑面积分摊暂行规定》等法规作了明确规定，实际操作中个别发展商仍然将经营性用房、人防工程或其他与房屋无关的面积调整实测面积和暂测面积的误差。购房者可以参照上述有关规定，认真审核发展商在补充协议中列明的分摊范围，对不符合法律规定的部分坚决要求予以删除。或者在补充协议中明确所购房屋的实际使用率，即实际使用面积与房屋总建筑面积的比率，当发展商交付的房屋达不到约定的标准时，购房者即可以选择退房并要求发展商承担违约责任。
3、关于装修标准：对于欲售商品房，特别是约定了精装修的欲售商品房，购房者一定要明确该等商品房的装修标准，防止被发展商以“进口”、“高级”、“先进”等不明确的表述误导。建议在补充协议中详细约定与房屋有关的所有内外装修、设施设备的种类、型号、品牌、颜色、位置、方向、可以参照的市场价格、达不到上述标准的违约责任等，以最大限度地保护自己的利益。
